水系统设计时需要注意以下几点：
1、注意壳管换热器的进出水管标志，避免接管错误；
2、机组中冷冻水进出水管接头应安装柔性的接头以减少振动；
3、在冷冻水的进出口处应安装温度计、压力表以及闸阀；
4、为了确保机组正常运行，水管上必须安装水流开关，并建议与机组控制器进行连锁。
5、在水管出口管上应安装排水阀，在水循环系统的高点或具体突起处安装手动或自动放气阀。机组正常运行时，阀门手柄取走，以保证阀门无法调节，如机组运行时打开排水阀，会发生断水事故。
6、管路系统试压完毕后，应在进出水管上敷设保温层以减少热损失，同时可以有效避免淋露现象；
7、水系统中不可避免有一定杂质等脏东西，而这些杂质会造成壳管换热器结垢，因此在水泵之前应安装过滤器；
8、在水路清洗时，须先将机组进行旁通，以免冲洗后的污水进入机组系统内；
9、在冬天环境温度很低的情况下，夜间停机时期会使壳管换热器和管道内的水结冰而损坏设备和管道。为防止冻结，在机组停机禁止切断电源，否则将无法运行机组的防冻结保护功能。安全的方法是将水完全从管道内放掉，也可以在水系统内添加乙醇和丙醇混合物来防冻。
注意：绝不可使用盐类混合物，以免腐蚀机组，损坏设备。